后来人类历史上的一些先哲终于肯低头看看自己，开始思考人类痛苦的来源。当然我们对先人不能苛求，在他们的时代，无论东方还是西方，要观测人体内部的奥妙几乎不可能，认识的直观性和模糊性是他们共有的特点，所以他们更多的是整体多于微观，推测多于实证，哲学思索多于客观观察。
根据几种自然元素组成万物的哲学思辨贯穿于整个中西医学史，中医是阴阳五行(金、木、水、火、土)，印度医学是三体液学说(气、黏液、胆汁)，希腊医学是四体液学说(血液、黏液、黄胆汁、黑胆汁)，他们都认为阴阳或体液平衡和谐就构成健康，不平衡或偏胜则产生疾病，治疗就是纠正偏胜，恢复平衡。这集中体现在《黄帝内经》中，如《素问·阴阳应象大论》中说：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也，治病必求于本”，把阴阳五行看做是天地万物发展、变化、消亡的物质本源，并以此来概括人体生理、病理、诊断、治疗等一切方面，如诊断上“察色按脉，先别阴阳”；治疗上“阳病治阴，阴病治阳”。同时还用五行生克制化学说来解释脏腑间的相互促进、相互制约的关系。还将道家的“精”、“气”、“神”的基本概念引进了医学，认为一切物质现象和精神现象都是精、气、神的存在形式。
而西方的希波克拉底学派中，“整体”观念是其主要的特点，它强调人体本身是一个整体，体内各器官间互有联系，一种疾病可累及全身，而人体与外界密不可分，外界的气候、地区、水、空间等对健康和疾病都有影响。毕达哥拉斯(Pythagoras)提出了四元素说，他认为万物(包括生命)皆由地、水、火、风四元素组成，这四元素是否平衡，对人类的健康有极大的影响。这些解释现在听起来是有点不靠谱，但它们却促使医学脱离了宗教迷信的桎梏。
