患者和隐性感染者是流感的主要传染源，主要通过其呼吸道分泌物的飞沫传播，也可以通过接触传播。常见潜伏期为1~4天，平均两天，从潜伏期末到发病的急性期均有传染性。
一般感染者在临床症状出现前24~48小时即可排除病毒，排毒量在感染后0.5~1天显著增加，在发病后24小时内达到高峰。成人和较大年龄儿童一般持续排毒5天。 患者感染不同毒株的排毒时间也会有差异。住院成人患者可在发病后持续一周或更长的时间排毒，排毒量也更大。
低龄儿童发病时的排毒量与成人相同，但排毒时间更。与成人相比，婴幼儿病例中，长期排毒很常见（1~3周)。人类免疫缺陷病毒（HIV)感染等免疫功能低下或缺陷患儿的病毒清除能力更差，排毒时间更长。
儿童在流感的流行和传播中具有重要作用，经常将流感病毒传给家庭成员，或作为传染源带入学校和社区。
