慢性鼻炎的细菌不断进展，因为受到抗生素治疗的阻碍。研究发现链球菌，肺炎球菌是急性鼻窦炎最常见的病原菌（30％），其次是不他莫拉斯菌和流感嗜血杆菌（20％）。
流感嗜血杆菌是不典型的，不他莫拉斯菌和流感嗜血杆菌有较高的内酰胺酶发生率，因而对很多抗生素有耐药性，细菌性慢性鼻窦炎的细菌种类非常类似。自从引入肺炎球菌疫苗以来，肺炎球菌已从腺样体中分离出来。
很多儿科医生对不咳嗽的儿童不敢确诊为鼻窦炎。晚间咳嗽是基础症状，提示咳嗽的原因是反流，而不是鼻窦炎。白天咳嗽伴有鼻充血、流鼻涕高度提示鼻窦感染，且症状的时限是诊断慢性鼻窦炎的线索。伴有复发性鼻窦炎患者可能会反复出现咳嗽、气喘。
