肠内细菌丛的平衡如果改变，粪便的状态也会出现变化。
双歧杆菌的占有率增加，结果是使肠内的吲哚(indole)、粪臭素、乙基苯酚、苯酚等腐败物的数量大为减少。而且，氨和硫化物等恶臭物质也会减少。因此，大便就不会那么臭了。
若能这么利用，大豆低聚糖就产生另一种用途。
不仅是人类而已，家中所饲养的狗或猫等宠物的饲料，如果放入大豆低聚糖，也能抑制粪便的臭味。非常喜欢动物却讨厌粪便的臭味弄得满屋子都是的人，不妨将大豆低聚糖放入饲料中。食品厂商当然也注意到这一点，目前已经进入商品化的阶段。
人也是如此，大便颜色原本是褐色，摄取大豆低聚糖之后，大便就会呈现黄色;另外，大便中所含的水分也会增加，通便情况也得到改善。
在进行这项调查之前，有将近一半的人大便是半膏状。可是，在食用大豆低聚糖之后，有一半以上的人就排出理想的香蕉状大便。
粪便中所含有的硝基还原酶、硝基氮茂环等有害的酵素，也会因摄取大豆低聚糖后，降低其活动力。
