常见的微生物污染是空气的微生物污染和水的微生物污染。空气虽然不是微生物产生和生长的自然环境，没有细菌和其他形式的微生物生长所需要的足够的水分和可利用的养料，但由于人们的生产和生活活动，使空气中存在某些微生物，包括一些病原微生物，如结核杆菌、白喉杆菌、金葡菌、流感病毒、麻疹病毒等，可成为空气传播疾病的病原。
室内空气微生物污染是传播呼吸道疾病的主要原因，微生物可附着于尘埃、飞沫上，并以它们作为介质进入人体而引起疾病。易感者只要与传染源有短时间的接触即有可能发病。病原微生物通过空气传播的疾病主要有：肺结核、肺炎、流行性脑脊髓膜炎、白喉、百日咳、流行性感冒、流行性腮腺炎、麻疹、天花、水痘等。
通过空气过滤、紫外线消毒以及加强室内通风换气等措施，可改善室内空气污染状况。此外还应搞好个人防护，以降低空气传播疾病的发生。
水是微生物生存的天然环境，无论地面水、地下水甚至雨水或雪水都含有多种微生物。水中的微生物大部分来自土壤，小部分是和尘埃一起由空气中沉降下来的。此外尚有一少部分是随垃圾、人畜粪便以及某些工业废弃物进入水体的。水体中的病原体主要来自人畜粪便。某些病原微生物污染水体后可引起传染病的流行，对人类健康造成极大的危害。
“百病从口入”，而水是人类生存所必不可少的。统计表明，由于饮水而引起的疾病占总发病量的一半以上。通过水传播的疾病主要有沙门氏杆菌病、志贺氏菌病、霍乱、弯曲杆菌性肠炎、病毒性肝炎、病毒性胃肠炎、阿米巴痢疾等，其中以胃肠道疾病最常见。
我国水质标准规定生活饮用水每毫升细菌总数不超过100个，大肠杆菌总数每升不超过3个。
为防止水污染，减少水质传播疾病的发生和蔓延，应加强污水的管理，尤其是医院污水等含有病原微生物的污水的管理，做好水质处理工作和水源的卫生防护，做好给水系统的维护和管理。
