许多被历代中医视为无毒的中药现在都被发现含有慢性毒，能导致肾衰竭、癌症、胸腺萎缩、重金属中毒、畸胎。例如，大量服用灵芝会造成急性肾小管坏死，黄连因能引起新生儿溶血症而在新加坡和美国被禁，“止咳良药”款冬久服会导致肝癌。其中最著名的是含马兜铃酸的中药导致肾衰竭的问题，因为涉及同仁堂生产的名药“龙胆泻肝丸”而轰动一时。
2003年2月，新华社以系列报道方式首度向国内公众披露，北京同仁堂制药集团生产的“清火良药”龙胆泻肝丸的主要成分“关木通”含马兜铃酸而可能导致尿毒症。新华社的报道是由于收到许多人的反映而引发的。作家张家瑞经常出现中医所说的“上火症状”，开始服用据说具有“清火”功能的龙胆泻肝丸，断断续续服用半年后，却患上尿毒症。清华大学美术学院副教授马文祖也因服用龙胆泻肝丸后，出现肾功能衰退症状。记者调查发现，北京中日友好医院自1998年10月收治第一例马兜铃酸病人，已有一百多例此类患者，其中以服用龙胆泻肝丸导致肾损害的病人最多。北京协和医院、朝阳医院也出现多个相同病例。北京协和医院、中日友好医院、南京军区总医院等就龙胆泻肝丸的主要成分关木通进行动物实验，结果显示大鼠的药物反应与人相同：大剂量给药，大鼠出现急性肾损害症状；长期小剂量间断给药，导致慢性肾损害。龙胆泻肝丸导致尿毒症的原因是，药中的关木通成份含有马兜铃酸，易导致进展性肾衰竭或慢性肾衰竭；病患常常在不知不觉中得病，等到发现身体不对劲时，已染上严重的尿毒症。
实际上，早在1993年，西方医学界已经注意到了马兜铃酸导致肾衰竭的问题。当时比利时研究人员发现有一百多名妇女因长期服用含有中草药“防己”的减肥药而使肾脏受到损害，最终需要换肾。随后，世界各地的研究也陆续指出，这类肾脏疾病主要与服用了含有马兜铃酸的药物有关。1994年，法国率先禁售含马兜铃酸的中药，英国、比利时、澳大利亚、奥地利、西班牙、美国、埃及等多国也陆续发出了同样的禁令。
在2002年初，中国国家药品监督管理局就已获知龙胆泻肝丸具有严重副作用，在七月发出“药品不良反应信息通报”，向有关企业、医疗机构和各地药监局等有关部门通报此一情况。不过，国家药监局并未向社会大众发出警告，仍任由不知情的民众继续服用上述药品。在新华社报道之后，国家药品监督管理局才于当年4月1日向全国发出通知，取消关木通药用标准，龙胆泻肝丸系列药品（含水丸、胶囊、片剂等）的生产企业，必须于当年4月30日前将处方中的关木通替换为木通（不含马兜铃酸），其他含有关木通的药品必须于当年6月30日前完成替换。
龙胆泻肝丸是非常知名且受欢迎的中成药，名列公费医疗药物目录，据估计国内生产龙胆泻肝丸的药厂达十多家。许多患者也因相信中药药性比西药缓和，经常服用龙胆泻肝丸“去火”。连许多中医都不知道该药具有损害肾脏的副作用。北京崇文医院一位出身中医世家的老中医也和许多患者一样因服用龙胆泻肝丸而导致尿毒症。
龙胆泻肝丸的历史悠久，收入宋代《和剂局方》中。原药方以木通入药，1983年因木通资源短缺，药典便以关木通代替木通。关木通和木通是非常不同的植物。关木通属马兜铃科，含马兜铃酸，而木通属木通科，不含马兜铃酸。许多人把龙胆泻肝丸事件归咎于药典出错，把其中的木通换成了有毒的关木通。实际上，除了关木通，含有马兜铃酸中草药还有十几种，包括马兜铃、天仙藤、青木香、广防己等，常常被当成无毒的药物用于“败火”、“排毒”、减肥、治疗心脏病等，它们都能导致肾衰竭。毒副作用还未被发现的中草药不知还有多少。
有人把中医当成“经验科学”，说是千百年来用人体做试验的结晶。其实，没有科学指导的人体试验不仅不能确认药物的疗效，也难以发现药物的毒副作用。服了以后毒性马上发作的剧毒、急毒药物还可凭经验发现，而那些要经过几年、十几年才会出现症状的慢性毒，经验是无能为力的，只有用动物做毒理实验和做流行病学调查追踪服药者才能发现。现代药物在获准上市前都做了这些研究，在说明书中会详细说明毒副作用，而中草药却至今在中国有毒副作用不明的特权。如果不具体说明毒副作用，“是药三分毒”就只是一句废话和推卸责任的借口。同样，如果不提供确凿的证据，“炮制、复方配制或辨证施治可消除单味草药的毒性”、“以毒攻毒”这种说法就只是草菅人命的大话。
