过敏的传统定义是“任何有关免疫系统的异常或病理反应”。免疫系统是身体的天然防线，能够自动针对它不喜欢的物质产生某种标记性物质。传统的“标记”就是一种叫做IgE的抗体（免疫球蛋白E）。这种抗体附着在 “肥大细胞”（mast cell）上。一旦不合适的食物，即过敏物，接触到抗体后，IgE分子就牢牢锁住过敏物质，并刺激肥大细胞释放出一种含有组胺和其他化学物质的颗粒，从而引发常见的过敏反应—皮疹、发烧、鼻炎、鼻窦炎、哮喘、湿疹以及其他一些严重的反应。
例如，对于某些人来说，贝类或花生会立即引起胃肠恶心或是面部肿胀。这些过敏反应都是快速的，具有严重的发炎反应。
现在医学界发现，大多数过敏反应和不耐性并不完全是由IgE引发的，另一种标记物质IgG同样也有这样的作用。约克营养实验室的詹姆斯·布拉利医生一直致力于IgG实验研究，他认为，食物过敏非常常见，而且过敏反应不仅仅局限于呼吸道、皮肤及消化道；很多过敏反应都是迟发的，短则一小时，长则三五天，而且这种迟发反应通常很难察觉。迟发型食物过敏通常表现为消化道无法阻挡半消化或未消化物质进入血液循环。这并不是什么新理论，早在1950年，一些过敏学领域的先驱如塞伦·伦道夫医生、赫伯特·林克尔医生、阿瑟·古柯医生等人就曾提出类似理论。近年，威廉·菲尔波特医生和马歇尔·曼德尔医生也曾经撰文论述迟发型过敏反应会给全身各个系统带来深远影响。
很多食物，即使不是大多数，都不是立即就引发过敏反应，而是逐渐积累、延迟发作。这一理论已经得到大多数人的认同。当然，迟发型过敏反应仅仅通过观察是难以察觉的。IgE抗体反应通常很迅速，而IgG抗体则是引发大多数慢性食物过敏的主要因素。
免疫学专家乔纳森·布罗托夫医生认为，某些被消化的物质会刺激身体分泌组胺，它是一种可以对头脑健康产生长期影响的神经递质，即使没有IgE参与也会引发一些传统的过敏反应。含有这类物质的食物有贝类、西红柿、猪肉、酒精、巧克力、菠萝、木瓜、荞麦、葵花子、芒果、芥末和含有凝集素的食物，如花生。
如果血液内的过敏原刺激细胞分泌大量抗体（主要是IgG），体细胞和脑细胞便会产生免疫复合物，身体也会发生过敏反应。“过敏反应是由于免疫复合物数量过多才引发的，这些免疫复合物就像血液内的垃圾一样。” 布罗托夫这样认为。而吞噬细胞会清除这些垃圾，就像一个忠实的管道清洁工。但如果管道内垃圾过多，吞噬细胞便无法出色地完成清除工作了。
